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レイスとの戦いも激しさを増す中、シェパードらはエンシェントのような種族に出会う。しかし、彼らはエンシェントが対レイス用に作り出した、機械生命体であるアスランズと呼ばれる者達だった。アスランズは一時アトランティスを占拠したが、シェパードやオニールの活躍によりアトランティスは奪回される。彼らは地球に向けて戦艦を建造中であるとの理由で、撲滅を決定したIOAは新造艦アポロンを使用し、マーク9（ゲイトバスター）を9発も使用した大攻撃を計画する。ウィアーの苦言も虚しく作戦は実行され、成功する。しかし、惑星ランティアに突如として謎の衛星が現れ、アトランティスは中に搭載されているゲイトからの衝撃波で攻撃される。一旦海底に沈んで難を逃れようとするが、シールドのエネルギー切れも時間の問題となり、スタードライブを使用し、ハイパースペース航行で惑星ランティアから脱出する事を決定する。離陸前後はシールドが解除される為、F-302で小惑星を運び、衝撃波の盾にする。離陸も完了し、シールドがアトランティスを覆う直前、小惑星が衝撃波からずれ、ゲイトルームに直撃してしまう。ウィアーは意識不明の重体となり、主要メンバーやゲイトルームも多数の被害が出てしまう。スタードライブを使用して、ハイパースペースに逃げ込んだものの、エネルギー不足でハイパースペース航行が不可能になり、月も惑星もゲイトも使えない深宇宙へと辿り着いてしまった。




第41話 No Man's Land (Part 2)
【Nico 01】
第42話 Misbegotten (Part 3)
【Nico 01】
第43話 Irresistible
【Nico 01】
第44話 Sateda
【Nico 01】
第45話 Progeny
【Nico 01】
第46話 The Real World
【Nico 01】
第47話 Common Ground
【Nico 01】
第48話 McKay and Mrs. Miller
【Nico 01】
第49話 Phantoms
【Nico 01】
第50話 The Return (Part 1)
【Nico 01】
第51話 The Return (Part 2)
【Nico 01】
第52話 Echoes
【Nico 01】
第53話 Irresponsible
【Nico 01】
第54話 Tao of Rodney
【Nico 01】
第55話 The Game
【Nico 01】
第56話 The Ark
【Nico 01】
第57話 Sunday
【Nico 01】
第58話 Submersion
【Nico 01】
第59話 Vengeance
【Nico 01】
第60話 First Strike (Part 1)
【Nico 01】