『踊る大捜査線 THE MOVIE 2 レインボーブリッジを封鎖せよ!』の事件終結から数時間後、事件は始まっていた。台場会社役員連続殺人事件の翌年(2004年との設定)のクリスマスイブの午後、大混雑している東京の地下鉄で警視庁史上最悪の大規模テロ事件が勃発。東京トランスポーテーションレールウエイ(TTR)の最新鋭実験車両クモE4-600(通称『クモ』)が何者かに乗っ取られ、地下鉄の中を暴走し始めたのだ。警視庁は緊急対策会議を召集、第1級テロの可能性ありと見た捜査一課の室井慎次管理官(警視正)は、緊急対応メンバーの召集を指示、その司令塔として日本初の犯罪交渉人、真下正義課長(警視)率いる刑事部交渉課準備室CICチームをTTR総合司令室へ急派するよう命じた・・・。
この作品の最後の部分で、室井は新宿北警察署の捜査本部に呼び出されるが、これは踊るレジェンドムービー第2弾となる『容疑者 室井慎次』の事件へと間接的に繋がる事になる。
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