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アビドース作戦から1年後、コロラド州シャイアン山にあるスターゲイトが突如作動。鎧を着たエイリアンの一群が基地に侵攻してきた。基地管理をしていたジョージ・ハモンド少将は、エイリアン達が下士官を拉致しゲイトの中へ逃走した際、リーダーらしき人物（アポフィス）の目が光るのを目撃する。事態を重く見た空軍は退役したジャック・オニール大佐を呼び戻し、アビドースへの偵察を命じる。
現役復帰したオニール大佐率いるアビドース作戦オリジナルメンバーの他に、新たに天体物理学者のサマンサ・カーター大尉を加えた偵察チームは、アビドースへと向かう。
到着すると、そこにはダニエル・ジャクソン博士の姿があった。ダニエルは、基地に現れたのはアビドースからの訪問者ではなく、銀河中に無数のゲイトが散らばっていると説明する。ゴアウルド作成によるゲイトマップを手に入れた一行は、その中から敵（アポフィス）が来た惑星を探すこととなる。
シーズン1では、ラストのゴアウルド地球侵攻までに多数の種族との交流や、これからのシーズンの基本となる惑星探検のエピソードが中心となるが、地球のエピソードもあり、近年のSFドラマでは見られなかったオリジナル性に富んだシーズンとなる。中でも、あるエピソードは後の「スターゲイト アトランティス」に繋がるエピソードにもなっている。




第1話 神の子 (前編)
【Nico 01】
【tvbreak 01】
第2話 神の子 (後編)
【Nico 01】
【tvbreak 01】
第3話 エイリアン
【Nico 01】
【tvbreak 01】
第4話 自由の女神
【Nico 01】
【tvbreak 01】
第5話 悪魔の痕跡
【Nico 01】
【tvbreak 01】
第6話 光の壁
【Nico 01】
第7話 エネルギークローン
【Nico 01】
第8話 四次元の妖精
【Nico 01】
第9話 時の呪縛
【Nico 01】
第10話 雷神トールのハンマー
【Nico 01】
第11話 一人ぼっちの星
【Nico 01】
第12話 ジャファの儀式
【Nico 01】
第13話 失われた記憶
【Nico 01】
第14話 ゴッド・マザー
【Nico 01】
第15話 地球に来た罠
【Nico 01】
第16話 恩讐の彼方に
【Nico 01】
第17話 トラン人の謎
【Nico 01】
第18話 凍りつく孤独
【Nico 01】
第19話 ブリキ男
【Nico 01】
第20話 異次元の地球
【Nico 01】
第21話 閉鎖命令
【Nico 01】
第22話 突入！宇宙母艦
【Nico 01】