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2000年9月13日に南極で発生したセカンドインパクトと呼ばれる大災害後の地球を舞台とする。その大惨事から復興しつつあった2015年の人類は、使徒と呼称されるあらたな脅威に見舞われていた。
国連の下部組織である特務機関NERV（ネルフ）は、襲来する使徒を殲滅するため、汎用人型決戦兵器人造人間エヴァンゲリオンを極秘に開発していた。そのパイロットには、まだ14歳の多感な少年・少女が選ばれ、世界の命運を託されたのであった。



第1話　使徒、襲来
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第2話　見知らぬ、天井
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第3話　鳴らない、電話
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第4話　雨、逃げ出した後
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第5話　レイ、心のむこうに
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第6話　決戦、第３新東京市
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第7話　人の造りしもの
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第8話　アスカ、来日
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第9話　瞬間、心、重ねて
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第10話　マグマダイバー
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第11話　静止した闇の中で
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第12話　奇跡の価値は
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第13話　使徒、侵入
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第14話　ゼーレ、魂の座
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第15話　嘘と沈黙
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第16話　死に至る病、そして
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第17話　四人目の適格者
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第18話　命の選択を
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第19話　男の戰い
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第20話　心のかたち　人のかたち
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第21話　ネルフ誕生
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第22話　せめて、人間らしく
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第23話　涙
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第24話　最後のシ者
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第25話　終わる世界
【PANDORA 01】
【Veoh 01】
第26話　世界の中心でアイを叫んだけもの
【PANDORA 01】
【Veoh 01】